拥有"满蒙第一美女"之誉的大玉儿，与姑姑哲哲一样出身自蒙古科尔沁旗，她的姑姑是太宗皇太极之正福晋。大玉儿与皇太极异母之弟多尔衮青梅竹马，终身暗许，却被皇太极纳为侧妃。多尔衮与皇太极结下"占位、逼母、夺爱"之仇。皇太极称帝，国号大清。正福晋哲哲被立为清宁宫皇后，大玉儿被封为永福宫庄妃。皇太极很爱大玉儿，但当他得知大玉儿仍然心系多尔衮时，对她不禁爱恨交织。

大玉儿的亲姐姐海兰珠新寡，偶为皇太极看上，一见钟情，封为关雎宫宸妃。宸妃怀孕，生子夭折，两天后大玉儿却生下九阿哥福临。宸妃恨妒，对大玉儿极尽迫害，却不料红颜薄命，香消玉殒。皇太极心痛，竟迁怒大玉儿，大玉儿含泪忍受。两年后，皇太极突然驾崩，未曾留下遗言，帝位争夺战势不可免。睿亲王多尔衮与皇太极长子肃亲王豪格争位不下。崇政殿上，多尔衮却突然独排众议，坚决拥立大玉儿的七岁儿子福临为帝。

孝庄的忠心侍婢苏茉尔，担心多尔衮精锐兵力在手，恐将在京称帝，孝庄却相信多尔衮。多尔衮心中确有挣扎，但最后仍信守承诺，迎福临入京即位。孝庄闻听万分欣慰，决心拼死保护自己的儿子、保护大清的前途。

多尔衮对孝庄情深依旧，孝庄却为了大清基业与儿子的未来，对他若即若离，以柔情拴住他称帝的野心。两人彼此相爱渴望，却又彼此暗斗提防。而多尔衮与逐渐长大的顺治也产生了政见上、情绪上的尖锐对立，孝庄夹在两人之间，苦心设谋调停。权力与爱情的煎熬终使多尔衮英年早逝，孝庄虽松了口气，却也无比痛心难过。

顺治亟欲实现自己"满汉一体，共享太平"的治国理念，但却引来了满州亲贵们的激烈对抗，这让孝庄伤透脑筋。顺治与董鄂妃的百死无悔的爱情，造成满蒙亲贵的仇视、博果尔的死亡，也更激化了反派势力的仇恨与行动，但都为孝庄一一化解，而无辜的董鄂妃及其幼子、好友，都成了牺牲品。

子殇妃死之后，顺治更郁郁终日，并萌生出家为僧的念头，尚来不及实行，便在贵太妃"同归于尽"的心态下，染天花病逝。

孝庄心力交瘁，但她必须振作起来，依汤若望之密议，立顺治之子玄烨为帝，年号康熙。孝庄决心好好抚养这位少年天子成为明君，以弥补她对儿子的遗憾，为大清朝开创盛世。