明朝天启年间，日本将军小泽正雄在争夺幕府大将的政斗中失势，率领残部数千之众，逃到我国东南沿海，结集海盗，为祸中华。其时，明朝皇帝年幼，大太监王其专政，王其妄图谋朝篡位，与倭寇相互勾结，残害忠臣，毁我朝柱。百姓生活在水火之中，大明江山面临内忧外患，岌岌可危。

故事的主角徐子豪乃京都总兵徐超之子，从小是大明皇帝的玩伴。他天资聪慧，机智多端，但贪图玩乐不务正业。由于徐子豪的父亲徐超一直在维护大明朝纲，与奸臣王其积下仇怨，王其设计陷害徐超勾结倭寇，将徐超 满门抄斩，只有徐子豪被少林高僧所救逃出生天。

在公主朱若琴的鼓励和陪伴下，徐子豪逃到少林寺想练就一身武艺，报仇雪恨。少林方丈得知徐子豪学武为了报仇，本不愿接纳，但同情徐子豪遭遇，加上徐子豪天资独具，拥有过目不忘的能力，于是安排徐子豪做了一名藏经阁的小小武僧。

方丈将徐子豪留在寺里，一方面是想保护他，但更深考虑是希望让他在佛理中渐渐洗涤充满仇恨的内心，激发他过人的天赋，从而发挥在更重要的场合。徐子豪平时只能接触到和武术无关的佛经，想要学武的他心急如焚。机缘巧合，他终于看到了第一本武术经书《少林迷踪拳经》，他偷偷练习迷踪拳法，还打退了倭寇派来半夜前来偷盗经书的黑衣人。

好友吴心同与徐子豪一起来到少林，却未能进寺，在山下等待时却遇上了瓦拉部公主格尔乐，吴心同对格尔乐一见钟情，想尽办法终于得到格尔乐芳心。没想到格尔乐对吴心同要求甚高，让吴心同每天练武，吴心同吃足苦头，甚至想要出家躲避格尔乐，但他也因此练就了一身绝好轻功。

徐子豪每天被公主朱若琴催促练武，和她在一起，徐子豪倍感压力，在少林寺的日子他又找不到倾诉对象，不知不觉，他和一个被自己从市集上救回来的哑巴女孩变成了无话不说的好朋友。哑姑从来是只听不说，变成了徐子豪最好的倾听者。但这个哑巴姑娘并不像表面上看起来那么善良，她其实是倭寇女忍者，混入少林就是为少林寺藏经阁的经书。

徐子豪发现哑姑行为诡异，就用假经书试验，果然试出哑姑是内奸，哑姑的同伙看暗偷不成改为明抢，徐子豪连同少林武僧赶走了一众倭寇武士。徐子豪故意放走了哑姑，虽然明知哑姑是倭寇，但他心中对这个女孩已经有了不一样的感觉。

瓦拉部公主格尔乐此次中原之行本也是奉命前来讨教少林武术，希望得到藏经阁的经书，但格尔乐生性豪迈，通过比武见识到少林武术的厉害后放弃了索要藏经阁经书的打算。

徐子豪经哑姑欺骗后有些心灰意冷，加上自信自己早已练就好武功，便回京去找王其报仇，虽将王其打伤，但自己也被王其重伤俘获，关键时刻还是少林方丈出手相救。为了救徐子豪性命，方丈拿出了《易筋经》给徐子豪修炼。在少林瑰宝《易筋经》帮助下，徐子豪终于在武学上更进一步，同时他在不断的修炼中也领悟到了更加高深的禅理，徐子豪改头换面，举手投足已经完全不同往日。

王其终于查到徐子豪躲在少林寺，派人来抓徐子豪，皇帝派出信使通知徐子豪。徐子豪见到信使后，为了不拖累少林，决定带着公主和吴心同一干人等前往东南沿海抗倭。来到东南沿海徐子豪才知道倭寇首领不是别人，正是哑姑小泽玛丽的哥哥小泽正雄，徐子豪利用自己在藏经阁学习到的武术和兵法，一改当地抗倭颓势，并最终捉住了小泽正雄。

王其得知小泽正雄抓，害怕自己勾结倭寇的事败露，发出追杀令，一定要在小泽正雄回京路上杀掉他，还派人和瓦拉部国王联合，想里应外合颠覆朝廷，自立为王。

徐子豪历经险阻，克服沿途刺客把小泽正雄带回京城，但大明公主朱若琴又被小泽玛丽抓去，徐子豪为了公主只得放掉小泽正雄。小泽正雄最终被王其所杀。小泽玛丽抱着哥哥尸体黯然离开中国。瓦拉部兵临城下，京城内的兵权又被王其掌握，皇帝虽然早知王其会反但此时还是束手无策。徐子豪联合少林高僧冲出包围，在吴心同和瓦拉部公主格尔乐的劝说下，瓦拉部国王同意反戈帮助大明皇帝。

徐子豪带着瓦拉部勇士冲回皇宫护主，王其要抢先一步杀掉皇帝，却一掌打死了公主朱若琴，徐子豪看到公主倒下和王其展开了一场大战，王其武功高过徐子豪，但徐子豪还是把王其当场诛杀。

场叛乱就此平定，大明也摆脱了东南沿海倭寇之乱，瓦拉部与大明结为友邦。面对皇帝的奖赏，徐子豪却不要官职，自愿回到少林寺藏经阁做一名普通僧人。