《产科男医生》将镜头对准医疗行业中相对比较特殊的一个群体——产科男医生，以一种轻松幽默的手法呈现了他们在工作、生活、情感上的各种遭遇。

身为产科医生的责任感和救死扶伤的理念，让一对欢喜冤家慢慢互相理解直到互生情愫，他们和同事们一起谱写着爱与责任、理解和成长的故事。

瑞安医院的妇产科男医生左右，对自己的工作心存不满，一直向往成为一名外科医生，因此常与身为妇产科主任、在医院里医术精湛威望极高临近退休的父亲左盛德产生龃龉，甚至对女朋友侯晚晴也要隐瞒身份。

左盛德委托自己的学生，同为妇产科医生的钱小小帮助左右做通心理工作。钱小小与左右师出同门又年龄相仿，但因为性格直率刚烈，常被左右称为女汉子，二人针锋相对已成日常交往的常态，因此接受老师的委托后颇感为难。

左盛德的另一得意门生，妇产科男副主任董思贤，因为工作的原因婚后一直与妻子，钱蕾（钱小小的姐姐）聚少离多，且多次求子无果。这让董思贤的岳母，同时也是董思贤养母的赵秀珍倍感焦急。因生母死于难产，董思贤对自己的职业格外尽责，一心扑在事业上，忽略了对家庭和与妻子的情感，导致钱蕾与以前的恋人Eric发生一夜情。

因身份败露，左右与侯晚晴分手，更加怨恨自己的职业。后因一系列误会和性情行事，加之左盛德为向院长胡芙蓉证明自己无意扶持左右上位，当众宣布把左右转到新生儿科。左右赌气上任，遇见新生儿科护士方圆，对其一见倾心。

虽然不在妇产科，左右却未失医者仁心，对身患TTTS症（双胞胎输血综合症）的孕妇唐丽，主张采取积极治疗，并钻研国外成功案例，做出详尽手术方案，帮其保住胎儿。左右的方案获得院长胡芙蓉的认可，但胡芙蓉深知这是一个绝佳的机会，能帮助自己向来器重的董思贤取得成就，有意让董亲自做手术，并以此对左盛德做出试探。

左盛德也被左右的精神感染，也有意挑战这个医学难题，决定让董主刀，自己签了责任书在旁协助。左右误会父亲和董思贤，大闹院长室，盛怒下提出辞职。

左右在方圆的鼓励和钱小小的激将之下，重回妇产科，对方圆展开追求。不料方圆心有所属，暗恋已婚的董思贤良久。董思贤事业上取得了巨大成功，却无意中发现了钱蕾的婚外情，与之离婚。

左盛德患腱鞘炎，手术中无法主刀，临时让董思贤顶替，结果产妇意外身亡，造成医患纠纷，董思贤被迫停职。左右、钱小小和外科主任赵一鸣夜以继日查明真相，帮助董思贤复职。此时院长得知左盛德的身体状况，同意了他退休的请求。

左盛德推举董思贤做产科主任，董思贤自觉资历尚浅，提出暂时代理主任职位。产科医生马悦，第一时间成为董思贤的追随者，希望其日后转为主任之后，自己有机会获得副主任职位。

董思贤离婚之后，方圆内心充满希望，对左右的追求更加无动于衷，左右明白自己无法真正得到方圆的心。赵一鸣对其冷嘲热讽，左右激将赵一鸣追钱小小，赵一鸣虽已有女友孙妍，仍接招，一番动作下来，二人反而略生情愫。后事件败露，钱小小怒不可遏，找左右算账，左右在自保的紧急关头，反而听从内心召唤，向钱小小表白爱意。

钱小小经过斗争，发现自己对左右也有爱意，二人终于走到一起，成为恋人。恋情却遭到赵秀珍的反对，左盛德出面，做通了赵的工作。钱小小和左右的融洽关系让钱蕾颇受触动，找到董思贤鸳梦重温，导致怀孕。

左盛德被医院返聘为顾问，马悦自觉左家势力回归，自己了无希望，于是在工作中不断挑拨左右与董思贤，慢慢引起董思贤的重视，权力之心渐起，开始对左右心存芥蒂。

医院VIP客户梅玉竹以考察之名，找左右求多子丸，以望怀上双胞胎分得更多家产，施以威逼利诱之后，左右本着医德行事，严正拒绝，马悦自觉这是良机，暗中联系梅，帮助其怀上四胞胎，并偷改了她的体检报告，让梅的主治医左右虽有疑虑，却没采取措施。后梅玉竹四胞胎流产，丈夫找院长调查真相，董思贤查明马悦作祟，出于私心没有揭发，反而栽赃给左右二人，最终钱小小不顾左右反对，承担了责任。

钱小小停职，在医院照顾患有先兆子痫的钱蕾，左右赌气请假陪同。董思贤良心不安，无法面对马悦，劝其辞职，马悦以跳楼相逼，揭露事件真相。董思贤被革职，钱小小怨恨董思贤，左右已经逐渐成熟，原谅了董，并主动提出转到外科，不与董争主任职务。

唐丽被查出乳腺癌，左右与董思贤通力合作，联手为唐丽手术保住双胞胎，并有效保住了癌症的后续治疗，钱小小也在此时原谅了董思贤。

董思贤和钱蕾的复婚仪式上，左右全力运作，促成了自己和钱小小、左盛德和一直照顾左家父子的花阿姨、妇产科护士长潘爱莲和实习医生张强的姻缘，皆大欢喜。