明朝中叶的天顺年间，东厂大太监曹少钦（甄子丹饰）将兵部尚书杨宇轩陷害致死，并以流放其儿女为饵，欲引出杨宇轩的部下周淮安（梁家辉饰），妄图将其旧部一网打尽。江湖侠女邱莫言（林青霞饰）受情郎周淮安之托，经过浴血厮杀，救出杨家儿女并相约在大漠边关的龙门客栈会合。岂料乔装后的东厂三大档头带领众高手尾随而至。
以经营黑店为生的老板娘金镶玉（张曼玉饰）风骚多情，对周淮安暗生情愫，可惜周淮安早已心属邱莫言。此时，曹少钦的大队人马正向龙门客栈杀来，店内又有东厂高手百般纠缠，加上大漠天气莫测，周淮安等人苦苦无法脱身。周淮安探知客栈内有一条出关密道，为救杨氏遗孤，周淮安不惜以与金镶玉结婚为条件查出密道所在，并与邱莫言等人相约新婚之夜由密道逃离。岂料，曹少钦的大队人马已然杀到。
万里黄沙之间，生、死、爱、恨交织之时，周、邱、金三人众志成城，联手将恶徒诛杀，邱莫言却也因此牺牲。周淮安决意远离中原，金镶玉一把火将客栈烧毁，追随周淮安而去。