一日，袁世凯的头疼病突然发作，洋医生们一筹莫展，著名的德国医学博士罗慈也束手无策。此时，有人请来了民间工程师黄石屏，只见他取出一根金针，运气之后，略显身手，袁世凯的头就不疼了。黄石屏是著名的气功针灸、气功武术大师，尤以"飞针"最为惊人。他不贪图荣华宝贵，深入民间，用气功针灸的绝技为百姓解除病痛。但黄石屏对西医颇存偏见，认定洋人没有好人。罗兹博士是一位正直善良有学者，但对中国缺乏了解，认为气功是骗人的魔术，欲与黄石屏进行较量。结果，不打不相识，他们在较量中增进了了解，逐渐建立起真挚的友谊。积极奉行侵略政策的德国医院院长蒙格尔视黄石屏为眼中钉，企图用金钱和武力征服黄石屏，但在黄的凛然正气和高超医术面前均告失败。罗兹对蒙格尔的劣行极为不满，与他产生了分歧。一天夜晚，黄石屏在河边救了一女子，不料这女子正是他失散多年的师妹秋芸。秋芸是黄石屏师父的女儿，师父临终前立下遗嘱，将秋芸许配黄石屏，而黄石屏不知此事，早已娶妻。秋芸深感悲痛，本想离去，但见师兄需要帮手，便留下来辅助师兄。蒙格尔又一次制造事端，加害黄石屏，致使秋芸无辜入狱。在爱国官员的帮助下，秋芸脱险。一次，在研究解毒气功针灸新法的实验中，罗兹主动相助，黄石屏体会到西医的先进之处，便诚挚地向罗兹请教，取西医之长发展中医医学。罗兹诚心探究中国气功针灸的科学道理，便在自己身上进行实验，结果让蒙格尔钻了空子。蒙格尔欲置罗兹于死地，嫁祸于黄石屏，幸亏黄石屏及时赶到，制服了众打手，救起罗兹。黄石屏得罪了洋大人，袁世凯下令通缉他，罗兹也被调回德国。长江口僻静处，黄石屏遥望罗兹乘坐的轮船远去，罗兹手捧黄石屏送他的《黄氏针灸》一书，向中国海岸挥手道别。